在臨床對照實驗中，最常報道的不良反應是局部皮膚和用藥部位的反應 ；也有患者有全身反應。這些反應通常是輕至中度的，然而，在每周3次的治療中也有報道出現嚴重不良反應的。每天1次療法的副反應比1周3次的不良反應更多、更強烈。總的來說，在每周3次的療法研究中，有1.2％（4/327）的患者因為局部皮膚或用藥部位皮膚的反應而停止治療。在臨床對照研究實驗中皮膚局部反應的發生率和嚴重性如下 ：
每周3次療法 - 調查者評估疣部位的反應
女性中使用5％咪喹莫特者有114人，局部反應的發生率 ：
輕度/中度紅斑61％（嚴重紅斑4％），
輕度/中度腐爛30％（嚴重腐爛1％），
輕度/中度脫皮18％，
輕度/中度浮腫17％（嚴重浮腫1％），
輕度/中度硬化5％，
輕度/中度潰瘍5％（嚴重潰瘍3％），
輕度/中度結痂4％，
輕度/中度水皰3％ ；
女性中使用賦形劑者有99人，局部反應的發生率 ：輕度/中度紅斑紅斑21％、腐爛8％、 脫皮8％、浮腫5％、硬化2％、潰瘍1％、結痂0％、水皰0％，無嚴重反應。
男性中使用5％咪喹莫特者有156人，局部反應的發生率 ：
輕度/中度紅斑54％（嚴重紅斑4％），
輕度/中度腐爛29％（嚴重腐爛1％），
輕度/中度脫皮25％（嚴重脫皮1％），
輕度/中度浮腫12％，
輕度/中度硬化7％，
輕度/中度潰瘍4％，
輕度/中度結痂13％，
輕度/中度水皰2％ ；
男性中使用賦形劑者有157人，局部反應的發生率 ：輕度/中度紅斑22％、腐爛6％、 脫皮8％、浮腫1％、硬化2％、潰瘍1％、結痂3％、水皰0％，無嚴重反應。
應用5％咪喹莫特乳膏也有遠部位的皮膚反應的報道，來自女性的遠部位的皮膚反應為紅斑（3％）、潰瘍（2％）、水腫（1％） ；男性為潰爛（2％）、紅斑、水腫、硬化、蛻皮各為1％，被判定為與本品很可能有關或可能有關，并且發生率在5％以上的不良事件列于如下，其中包括疼痛、類似感冒癥狀和肌痛等癥狀。
每周3次療法
女性中使用5％咪喹莫特者有117人，使用賦形劑者有103人。
治療部位反應 ：瘙癢32％（賦形劑20％），燒灼感26％（賦形劑26％），疼痛8％（賦形劑2％）， 痛苦3％ （賦形劑0％）。
真菌感染11％（賦形劑3％），所報告事件的發生與本品無因果關系。
系統反應 ：頭痛4％（賦形劑3％），類似感冒癥狀3％（賦形劑2％），肌肉痛1％（賦形劑0％）。
男性中使用5％咪喹莫特者有156人，使用賦形劑者有158人。
治療部位反應 ：瘙癢22％（賦形劑10％），燒灼感9％（賦形劑5％），疼痛2％（賦形劑1％）， 痛苦0％ （賦形劑1％）。
真菌感染2％（賦形劑13％），所報告事件的發生與本品無因果關系。
系統反應 ：頭痛5％（賦形劑2％），類似感冒癥狀1％（賦形劑0％），肌肉痛1％（賦形劑1％）。
被判定為與本品很可能有關或可能有關，并且發生率在1％以上的不良事件包括 ：用藥部位的異常 ：疣部位的反應（燒灼、色素減退、刺激、瘙癢、疼痛、潮紅、敏感、痛苦、刺痛、觸痛） ；遠部位的反應（流血、燒灼、瘙癢、疼痛、觸痛、足癬） ；全身反應 ：疲勞、發熱、類似感冒癥狀 ；中樞和周圍神經系統 ：頭痛 ；胃腸道：腹瀉 ；肌肉-骨骼 ；肌痛。

本品尚未進行治療尿道、陰道、宮頸、直腸內的人類乳頭瘤病毒感染的評估，因而不推薦用于這些情況的治療。
一般情況
局部常可見紅斑、糜爛、表面脫落及水腫。如果出現嚴重的局部皮膚反應，應用溫和的肥皂水洗去藥物，皮膚反應消退后可繼續治療。沒有應用其他藥物治療生殖器和肛周疣后，立即應用本品的臨床經驗，因此在任何先前使用藥品或外科手術治療生殖器/肛周疣后，傷口未愈合之前，并不推薦使用本品。本品有加重皮膚炎癥的可能。
給患者的訊息
應用本品的患者應注意以下的信息和說明，本品對生殖器和肛周疣傳播的作用尚不知道。本品可能會損害避孕套和陰道隔膜，因此不主張同時使用。
1、遵醫囑使用該藥。僅供外用，避免接觸到眼睛。
2、治療部位不能包扎。
3、當皮膚上有藥物時應避免性接觸（生殖器、肛周、口）。
4、建議使用本品6-10小時后，用溫和肥皂或水清洗治療部位。
5、患者用藥部位或鄰近部位皮膚出現諸如紅斑、糜爛、皮膚剝脫和水腫等局部反應是常見的。大多數反應是輕至中度的，若出現嚴重的皮膚反應應立即通知給藥醫生。
6、未進行包皮環切的男性治療包皮下疣時應將包皮翻起，并每天清洗。
7、患者應了解在治療過程中可能會有新的疣出現，因為本品并不能治愈疣。

藥理
咪喹莫特治療生殖器疣或肛周疣的作用機制尚不知道。其對培養細胞沒有直接的抗病毒作用。對鼠皮膚研究顯示咪喹莫特誘導包括α-干擾素在內的細胞因子的產生。然而，這些發現的臨床相關性不清楚。
在一個雙盲安慰劑對照試驗中，209例18歲及18歲以上的生殖器疣/肛周疣的患者，外用5％的咪喹莫特乳膏或賦形劑（對照），每周3次，最長16周。疣基底的平均面積是69mm2（范圍8-5525mm2）。患者的情況是：參加患者數209例，使用5％咪喹莫特乳膏109例（完成16周治療未清除者36例，清除者54例（隨訪12周未復發者39例）；退出研究者19例）；使用賦形劑乳膏100例（完成16周治療未清除者62例，清除者11例（隨訪12周未復發者9例）；退出研究者27例）。
致癌性、致突變性、對生育的損傷
尚無對嚙齒類動物的致癌性資料。在8種不同致突變系列試驗中，沒有發現異常，包括Ames，鼠淋巴瘤，CHO染色體異位，人類淋巴細胞染色體異位，SHE細胞轉化，鼠骨髓細胞遺傳學及鼠顯著致死試驗。在鼠交配、妊娠、分娩及授乳過程中，給予口服8倍于人類的劑量（按mg/m2計算），未見對生殖的影響。