去鐵酮最常見不良反應是淡紅色/棕色尿，是由于鐵-去鐵酮復合物的排出所致。一般不良反應包括：惡心，嘔吐，腹痛和食欲增強。多在服用去鐵酮治療的早期出現，且大多數患者在繼續治療數日或數周后緩解。對一些患者，可先降低去鐵酮服用劑量然后再升高至75mg/kg/天是有益的。有服用去鐵酮的患者出現關節癥狀的報告。關節癥狀從一個到多個關節的輕度疼痛直至嚴重的關節炎。多數患者在繼續治療后上述癥狀自行緩解。有服用去鐵酮的患者出現谷丙轉氨酶（ALT）增高的情況。絕大多數患者的ALT增高是無癥狀的和一過性的，在未停藥也未降低去鐵酮的劑量的情況下，其ALT可恢復正常。一些患者隨著本身鐵負荷的增高或丙肝的感染而出現肝纖維化的進展。少數患者出現與去鐵酮相關的血漿鋅水平降低，可口服補鋅保持正常水平。 在臨床試驗中報告的最嚴重的不良反應是粒細胞缺乏癥（嗜中性粒細胞<0.5×109/l），出現的患者為1.2％（0.6例/100患者/年）；其次為嗜中性白細胞減少癥（嗜中性粒細胞<1.5×109/l），出現的患者為6.5％（3.5例/100患者/年）。這樣的發生率，應考慮地中海貧血患者本身具有的能夠促使嗜中性白細胞減少的原有病變基礎，特別是那些伴發脾功能亢進的患者。
奧貝安可藥代動力學：吸收：去鐵酮在上消化道快速吸收。患者空腹服用單劑去鐵酮，血清峰濃度出現在45-60分鐘；餐后服用，達峰時間延長至2小時。給予25mg/kg劑量，盡管與食物同服并不降低吸收總量，但餐后服用的血清峰濃度（85μmol/l）比空腹服 用（126μmol/l）低。
代謝：去鐵酮主要通過葡萄糖醛酸化代謝，通過使去鐵酮的3-羥基團失活，使其失去結合鐵的能力。葡萄糖 醛酸化代謝物血清峰濃度在服用去鐵酮2-3小時后出現。
消除：去鐵酮主要通過腎臟消除，報告在服用后24小時，總劑量的75％-90％由尿排出，以去鐵酮原形，葡萄糖醛酸化代謝產物以及鐵-去鐵酮復合物形式存在。報告通過糞便有不定量的清除。多數患者的消除半衰期在2-3小時。
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